19世紀半ば。ミシシッピー川沿いの田舎町に住む少年トム・ソーヤーは、ある日の深夜、親友ハックルベリー・フィンと共に猫の死骸を埋めに墓場へ向かうと、偶然インジャン・ジョーが殺人を犯す現場を目撃してしまう。これは二人だけの秘密にしておこうと約束するトムだったが、冤罪で死刑判決を受けたマフを救うため、真犯人を告げに裁判所へ向かう。しかし、トムが証言を行う最中、ジョーが逃げ出しこの町から姿を消してしまった。その後、宝探しで幽霊屋敷に潜り込んだトムとハックは、姿をくらましていたジョーが莫大な財宝を運び出すところを目撃する…。